《时空穿梭馆》讲述了时空救赎者文姝为集齐四十九朵曼珠沙华复活，穿梭时空化解宿命纠缠的故事。文姝初遇被诡异红绣鞋纠缠的林媛媛，发现绣鞋是男鬼沈煜瑾所化。沈煜瑾因挚爱云苒被断双腿含恨而死，认定林媛媛是仇人转世，执念极深。文姝以彼岸花为报酬接手此事，施法逼出沈煜瑾，得知其与云苒自幼青梅竹马，云苒为凑沈煜瑾赶考盘缠，隐瞒入段府为婢，却遭段家主段修慕觊觎。沈煜瑾误以为是段夫人因嫉妒砍断云苒双腿，为此杀了段修慕与林媛媛（前世）后自尽，化为厉鬼纠缠今生的林媛媛。为改变悲剧，文姝穿越至过去，意外成为谢家 “嫂嫂”，与替病重兄长谢衍成婚的谢凛共处。谢凛身世凄惨，因流言被母亲视为 “吞噬兄长双腿的恶鬼”，饱受苛待，实则是六岁能诵《诗经》的奇才。文姝得知谢父之死与段修慕有关，遂以丫鬟身份潜入段府查探。在段府，文姝发现段夫人（林元兮）与云苒早有渊源：二人曾以 “林公子” 与农家女身份相知，云苒倾心于 “他”，却得知 “林公子” 实为女子，且已许配段修慕。云苒为接近嫁入段府的林元兮，设计让喜爱三寸金莲的段修慕注意到自己，进入段府。段修慕实则贪赃枉法，偷工减料致河堤决口，害死百姓，谢父因撞破其秘密被灭口。文姝收集到段修慕罪证，让谢凛转交新科状元沈煜瑾（即前世的沈煜瑾）。沈煜瑾奉旨查案，段修慕被押解回京严审。真相大白：当年断云苒双腿的正是段修慕，而非段夫人。任务完成后，系统安排文姝在谢凛赶考后于山洞 “病逝”。然而文姝发现，谢凛因她的离去改变命运 —— 虽十八岁中状元、官至宰相，却一生未娶，二十四岁积劳病逝于曾与她同住的山洞。时空出现悖论，系统启动紧急修复程序，文姝接到二次穿越指令，准备修正历史线。